چهار مشکل عمده در آب سیستم های خنک کننده عبارتند از:
خوردگی:
از بین رفتن فلزات به واسطه فعل و انفعالات شیمیایی خوردگی نامیده می شود.
رسوب:
مواد معدنی از قبیل کربنات کلسیم، فسفاتهای کلسیم و منیزیم و سیلیکات ها در آب نسبتا نامحلول هستند و می توانند بصورت غیر محلول به شکل رسوب تشکیل شوند و موجب آسیب و کاهش تبادل حرارت در سیستم های خنک کننده شوند.
فولینگ:
فولینگ یا گرفتگی، حاصل ته نشست مواد معلق، گرد و غبار محیط اطراف و یا محصولات حاصل از خوردگی در داخل سیستم است.
آلودگی بیولوژی:
سیستم های خنک کننده آبی، محیطی ایده آل برای رشد میکرو اورگانیسم ها و میکروب ها هستند که تاثیر بسزایی در افزایش سرعت خوردگی، ایجاد فولینگ و تشکیل رسوب می شوند.4 عامل رسوب گذاری، فولینگ و آلودگی بیولوژیکی در راندمان سیستم های خنک کننده تاثیر بسزایی دارد که در این بین نقش آلودگی بیولوژیکی بسیاز حائز اهمیت بوده و باید کنترل شود.